从1655年来华至逝世，在华近三十年。南怀仁“勤勉竭力，不辞劳瘁”，为信仰奉献了一生，客观上为西方的科学技术知识在中国的传播作出了巨大的贡献。同时，南怀仁利用为康熙皇帝进讲科学的机会，宣传天主教，努力造就有利于传教的局面。南怀仁“以科学助传教”的宗旨,在他不懈努力下，取得很大成功，并最终促使官方允准天主教合法。

南怀仁1688年去世。康熙皇帝亲自撰写祭文：“尔南怀仁，秉心质朴，四野淹通。来华既协灵台之掌，复储武库之需……可谓莅来惟精，奉职费懈者矣。遽闻溘逝，深切悼伤。追念成劳，易名勤敏。”康熙此谕，用满汉两种文字刻在南怀仁碑碑阴，碑阳用汉文和拉丁文镌刻。迄今为止，用三种文字刻写碑文实属少见。这块墓碑就在车公庄6号市委党校内，与利玛窦、汤若望的坟茔依次排列。

他去世之后，康熙皇帝为他举行隆重葬礼，并赐谥号“勤敏”。在明清之际来华而后来客死中国的传教士中，南怀仁是唯一一位身后得到谥号的。谥号是用简单的两个字概括人物生前的功绩和操行，得到谥号的主要是皇帝与大臣。康熙皇帝所赐“勤敏”二字，恰好是对南怀仁在钦天监供职期间勤勉、聪敏的恰当评价。