本片讲述了民国时期的一个传奇故事，日本人垂涎华夏大地的一种神奇花朵，于是胁迫御麟龙帮助他们寻找花朵，御麟龙为了保护花朵不被异族夺取而施展计策与他们斗智斗勇，并最终将侵略者消灭。最终，御麟龙等人终于将坂本击毙，成功将神奇宝贝保护在洞穴之内。

清朝末期，清政府由于闭关锁国导致经济衰退。黄飞鸿因民族大义、家国情怀而错过与十三姨的婚事，导致十三姨心灰意冷出走上海。黄飞鸿为了寻回十三姨加上找回丢失的墨龙图也随后前往上海。十三姨来到上海投奔了自己的外国同学皮特，多年来皮特一直对十三姨心存爱意，对十三姨的到来十分的开心。但十三姨心中还是惦记着黄飞鸿。而在寻找墨龙图的过程中，黄飞鸿陷入黑帮纷争，遭人陷害不幸入狱...

风起云涌，宦官弄权的明朝末期，忠臣左光斗因弹劾奸佞魏忠贤而招致杀身之祸，满门惨死于东厂的黑暗权势之下。其女左清菡怀揣奸党贪赃枉法的证据“忠蠹名册”被锦衣卫百户方涂山所救，二人在逃避东厂追杀时，幸得路过的明教五行旗总掌旗使大邱出手相助，受伤落魄的他们由此被带入与世隔绝的桃源村。朝廷一面，东厂左右千户仇士海、狄耕为了争夺东厂督主之位明争暗斗；另一面，桃源村地处偏僻，村民均为明教教徒，虽被朝廷解散却始终奉行除恶扬善教义的明教教徒们，对突然闯入的二人抱有很大的敌意，大家开始因担心陌生人的到来可能给村子带来祸患而想