这是一场被加尔德罗贝封印的战争。讲述风华王家之秘，和爱莉卡的母亲＝雷娜·塞亚斯的故事。　　憧憬着乙HiME的少女＝西弗尔。某一天，魔手袭击了在无依无靠的同时仍坚强生存着的她。谜之组织「希巴鲁兹」们拐走了西弗尔。在危急时刻，将她救出的是黑衣绅士＝布鲁斯，他的女仆(?)＝蕾娜，紫苑修女和她的乙HiME＝Meister拉凯尔，以及五柱·一之柱=艾利奥特。　　少女西弗尔之谜。　　拥有乙HiME力量却将其拒绝的蕾娜。　　加尔德罗贝之谜。　　五柱的背叛。　　现在，正是先代乙HiME觉醒之时。　　标题中的“S.if

　　Zwei的舞台是TV动画完结时一年之后。　　爱莉卡虽然已经成为了Meister，但显然还不“合格”，必须继续接受玛利亚女士的指导。而另一方面，透过不断的学习，真白也更像一个女王了。　　某天，新建成的天文台侦测到将有陨石从天而降，万一坠落的话，风花王国及邻近的国家将会无一幸免，Meister们要携手对抗这陨石！然而，这只是新的物语开启的序章，行星エアル有史以来最大危机于焉开幕！