在东京某个位于西国立市的神社内，有三名可疑的男子正在密谈。突然有个戴着假面具的黑影男人出现，他用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害。与此同时，在大阪、京都也相继发生了杀人事件。警方在经过调查后发现，被杀害的五人都是出没于东京、大阪、京都三地，专门偷窃著名佛像及艺术品的窃盗集团“源氏萤”的成员。这个集团以日本历史上最有名的悲剧武将——源义经的故事《义经记》为名，首脑化名“义经”，部下则以“弁庆”为首，各自以家将姓名相称。另一方面，小五郎带着柯南、小兰和园子来到了京都。八年前，位于京都的古老寺院——山能寺中的一尊国

一年一度的七夕即将到来，东京、神奈、静冈、长野等地却接连发生六起连环杀人案。被害者身边皆留下麻将牌中的七筒和奇怪暗示。由于案发范围过大，各地警署探员纷纷聚到东京警署的专案组共同研究案情，名侦探毛利小五郎也被邀请参加，江户川柯南则偷偷听取了会议的内容。会后，江户川柯南无意中听到群马县的山村操警官哼唱的童谣，继而发现有黑暗组织的成员混进警察中间。在一次围捕行动中，柯南遇到假扮人质的苦艾酒，得知近期一连串的杀人案件与存有组织内部人员资料的记忆卡有关。与此同时，潜入警察内部的间谍偷偷盗取工藤新一和柯南的指纹，新一

一万年前的极限战争中，代表人类祖先的不死生物，封印了其他52只不死生物后，获得了最终胜利，人类从此得以在地球上繁衍生息。而21世纪的现在，封印被破解，这些不死生物再次苏醒了。为了阻止它们破坏人类的世界，BOARD（人类基盘史研究所）的所长乌丸开发出了假面骑士系统，用来封印那些不死生物。橘朔也和剑崎一真使用腰带变身成为假面骑士星币和假面骑士剑，就此展开了他们的英雄之战。故事初期的橘虽然有协助对抗不死生物，但他对剑等人也是敌视的态度。第三个假面骑士卡利斯——也就是相川始，这个亦正亦邪的角色让众人的立场发生了动

在《假面骑士帝骑》中出现的假面骑士终骑的变身者海东大树，他是穿梭于不同的世界中，偷取宝物的假面骑士。这一次，海东大树为了寻找宝物，来到了假面骑士电王所在的世界。然而这里却发生了一场众人都没想到的意外——海东大树被邪恶的异魔神附身，被附身的海东大树性情大变，下狠手攻击良太郎等人。海东大树的愿望竟然就是见到良太郎，愿望达成后，异魔神逃窜到了过去。众人虽然感到不解，但还没来得及细想，便火速赶往过去打败异魔神。一番战斗后异魔神的威胁消除了，但没想到这都是海东大树为了夺走时间列车电王号而设下的陷阱！这让良太郎等人不

故事以TV版为基础，战斗所剩下的骑士只有六人：城户真司、秋山莲、北冈秀一，浅仓威，雾岛美穗和一位神秘骑士。雾岛美穗成为假面骑士骑士的目的是要杀死浅仓为姐姐报仇，并让姐姐复活。 为了报仇的美穗不理真司的阻止，仍多次与浅仓战斗，却反而令自己陷入危机，当浅仓向美穗下毒手时，龙牙突然出现解救美穗，并以强大的力量将王蛇压倒 ，令美穗成功杀死浅仓。 由于美穗以为是真司救了她，便相约他出来吃东西希望报答他，而真司和美穗的感情亦得以发展，可惜这个美好时刻却被邪恶的假面骑士龙牙破坏。镜中世界的真司假冒真正的真司袭击美穗，美

某天，毛利侦探事务所接到了知名舞台剧女演员牧树里的委托。委托内容是牧树里收到怪盗基德预告信，信中指出怪盗基德将在舞台上夺取牧树里佩带的蓝宝石戒指“命运的宝石”。于是毛利小五郎接受保护宝石的工作，依据毛利小五郎的推理，基德将在演出的最后一天前来盗取这颗无价的宝石。在演出的最后一天，毛利小五郎、小兰和柯南受邀观赏舞台剧，在剧场里错综复杂的人群中，基德到底会假扮成谁出现在大家面前，在紧张的埋伏等候中，出现在大家面前的竟然是工藤新一，柯南一方面必须保护宝石，另一方面又不能拆穿基德假扮的工藤新一，因为拆穿基德就等于

故事以15年前的北大西洋上一件海难作序幕，这宗海难是由一艘在深夜浓雾中航行的货轮引起的。由于未能及时发现航道上有巨大冰山，货轮猛烈撞上冰山后导致引擎室受到重创，整艘船也在不久后彻底沉没。虽然大多数船员顺利获救，但船长与一名船员还是不幸罹难。而在15年后的东京大都会，大财团的著名设计师在驾车时，突然心脏病发作。连人带车冲向山谷，车子在坠落山谷后起火燃烧，设计师当场气绝身亡。这两宗分别发生于两个不同年代的意外居然是一场惊天大阴谋的序幕。幕后黑手选择了豪华邮轮“爱芙罗黛蒂号”作为展开阴谋的地点。恰巧江户川柯南、

"住在九州的少女园田真理梦想成为一名美发师，她是一名孤儿，小时候被大企业智脑公司的社长收养。有一天，她突然收到了养父寄给她的特殊变身工具“555设备”，为了弄清楚是怎么一回事，她准备前往东京寻找她的养父。在路途中，她遇到了一个没有梦想、四处旅行的青年——乾巧，他们因为拿错包而起了纠纷。随后，一个不明怪物“俄尔以诺”袭击了他们，情急之下真理想利用555腰带变身，但设备却一直提示出错。在千钧一发之际，真理将腰带套到了乾巧的身上，没想到乾巧竟然成功变身成了假面骑士555，并打败了俄尔以诺。此后

在不久之前，市内发生了连环杀人事件，遇害人每一个都是音乐家，而且他们均出身于著名钢琴家领衔创建的一所音乐学院。江户川柯南、毛利小五郎、毛利兰、少年侦探团等一行人，收到了一位著名钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。该音乐会最大的亮点是巴赫弹奏过的管风琴、世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色，以及拥有绝对音感的天才歌手的歌声。可是万万没想到，在音乐会正式举办之前，陆续发生了许多可疑的案件，让每个人都忧心忡忡。而且，在音乐会正式开演当天，江户川柯南他们所在的音乐会会场突然发生了很大的爆炸，整个会场