史莱克原以为可以和费奥娜在沼泽地过上自由散漫的生活，谁知道费奥娜的父亲，变成青蛙的“遥远王国”国王病重，史莱克和费奥娜不得不放弃自由，继承王国。对史莱克而言，“祸不单行”:费奥娜怀孕了，显然他没有做好当爸爸的准备。因为不想继承王国，也因为即将出生的小怪物，史莱克带着话痨驴子和穿靴子的猫，一同去找菲奥娜的远方堂弟亚蒂，在他们的软磨硬泡之下，懒散的亚蒂终于答应接过王位这个烫手山芋，四人开始了热闹非凡的回国之旅。

上一集与胡巴分别后，天荫带着小岚踏上寻父之路，在义薄云天的天师堂堂主云大哥的帮助下，二人得知天荫父亲宋戴天的护妖轨迹；而重回永宁村的胡巴再度被妖王追杀，颠沛流离逃亡时结识大赌徒屠四谷和一只妖怪，三人一起过着相依为命的生活，但又因屠四谷欠下的巨额赌债横生诸多波折。与此同时，江湖盛传小妖王胡巴的重金悬赏令，妖界大军、天师精英、绿林草莽闻风而动，多方势力为抢夺胡巴在清水镇掀起腥风血雨。千钧一发之际，念子心切的天荫和小岚通过天师堂找到胡巴并一起逃离险境。岂料，一场更大的惊天阴谋尾随而至，伺机而动……

不知何年，妖界大乱。新妖王对前代势力痛下杀手，更誓要对前妖后腹中的孩子斩尽杀绝。妖后一行躲避追杀来到地处大山深处的永宁村，偏巧遇到捉妖天师霍小岚（白百何 饰）和罗刚（姜武 饰）。一番混乱过后，妖后自知气数将尽，遂将妖蛋放入永宁村保长宋天荫（井柏然 饰）的腹中保存。是夜，小岚所属的天师堂掌门人葛千户（钟汉良 饰）率领手下血洗永宁村，天荫不得已随小岚逃亡。时机成熟，萝卜妖怪胡巴降生人间。在接下来的旅途中，小岚和天荫对彼此的了解不断加深，而胡巴也终于成为他们中间最不可割舍的重要存在。战争仍在继续，人和妖的界限日