一晃十年过去，地球人和虫族的战争如火如荼，愈演愈烈。某日，空军元帅奥玛•阿诺克（斯蒂芬•霍根 Stephen Hogan 饰）来地球人的远方农场罗库山视察，时任上校的强尼•瑞克（加斯帕•范•迪恩 Casper Van Dien 饰）也一同前来。在此期间，阿诺克的心智被虫王操控，他切断了隔离区的电力，使基地完全失去保护。是夜，虫族对隔离区发动总攻，地球军虽顽强抵抗，终因寡不敌众而告败，基地陷落。阿诺克则和一干心腹逃离，飞船迫降在OM-1行星。 　　瑞克因失职被军事法庭判处绞刑，行刑之际被政府秘密部门救下。阿

本片由迪士尼电影公司负责提供角色、来自日本的动画公司MadHouse负责制作，因此影片的风格渗杂着日本迪士尼元素。影片中小罗莉和外星狗狗之间的对手戏十分有趣。 本片的主角是一位生活在夏威夷的小女孩莉萝（黛维·切斯），莉萝已经5岁了，她活泼可爱，最爱跳夏威夷草裙舞，最爱听猫王老歌，也一直梦想拥有一只属于自己的宠物狗。有一天莉萝收留了一只可怜兮兮的流浪狗史迪仔（克里斯·桑德斯），但是她万万没有想到的是，这只长相有点怪异的蓝色动物其实才不是普通的狗，他居然是一个六只脚的外星生物！而且还是一个失败的试验所制

企业号宇宙飞船遨游在太空，在人类和外星人中间传播好意，同时也在防范敌对星球有可能的攻击行为，因为有迹象表明，星际联盟的老对头罗木兰星球有可能发起新一轮的攻击。皮卡特船长和他的船员们也在小心翼翼的观察着事态的进展，时刻准备投入战斗。可就在这时，罗木兰星球发出了和谈的讯息，星际联盟命令企业号前往谈判，当皮卡特船长第一次见到罗木兰星球新的执政官后惊呆了，原来对方就是罗木兰很久以前制造的皮卡特的人类复制品，面对这个难缠的对手，皮卡特船长和他的船员们该如何是好？

在虫族突袭布宜诺斯艾利斯之后，联邦军队发动反攻，在坦戈约里击溃虫族，并在P行星虏获虫族首领。在此之后，联邦军队乘胜追击，派大军杀向虫族隔离区。残酷的战斗没有止境，机动部队第6战队遭到虫族围攻，苦盼救援部队不得，眼看灭亡在即。关键时刻，第6战队首领夏普德将军（埃德·劳特 饰）与几名士兵吸引虫族，命令霍顿（Jason-Shane Scott 饰）、珊蒂余下的战士前往最近的祖鲁角哨站避难。此前，该哨站已经废止，所有人员全部死亡，只有一名中尉幸存。在这个隔绝之地，战士们进行最后的抵抗……

当企业号正在例行巡视时，毕卡特舰长突然接到消息，显示波格族人已经进入联合星系，预备直闯地球。这行动直接影响星际间的和平及地球安危，舰长于是率领企业号返回地球准备还击，结果获得胜利。波格族经过失败后，族人精心计划，企图卷士重来。企业号紧随波格族人回到地球，向其猛烈进攻……

皮卡特舰长获知百科（Data）中尉在巴库（Baku）星球被掳为人质后立刻率企业号前往营救。当他们来到巴库星球，整个星球上只居住了六百名巴库人，与世隔绝、摒弃科技、崇尚和平，过着纯朴的生活；百科被掳不像是巴库人的作风，想必另有隐情。皮卡特舰长遇到一名叫做安妮的巴库女子，经由她得知巴库人虽然看起来年轻，星球的原居民巴库其实年龄都已经超过三百岁了。面临老化的索纳（Sons）人，发现巴库人长生不老的秘诀再于巴库星球外围的特殊放射线能不断的重组基因结构。如今巴库人要遭受灭种的威胁…… 　　来自外层空间的索纳人联结星

疯狂博士苏伦野心勃勃，藉着超卓武器毁灭宇宙，并走到一处没有时空界限的领域，进行连串恐怖计划。为了挽救人类安危，23世纪的太空船冒险号的队长寇克决定穿梭时空，与24世纪的冒险号船长比加会合，阻止外星侵略行动。

星际联邦的大敌克林贡帝国因为连年争战，经济及生态环境破坏殆尽，一位克林贡领袖遂在企业号太空船护送下前往地球谈和，中途却遭到阴谋份子暗杀，并且嫁祸企业号……

美国军方在地球的某处发现了一个奇怪的圆环，圆环的制造技术完全不同于地球，而且通过测定圆环的历史非常久远甚至可以追溯到人类出现之前，圆环上还刻有很多奇怪的符号。这个圆环到底有什么作用？考古学家丹尼尔·杰克逊博士对古埃及的象形文字及其历史有很深的研究，而且对金字塔的建造也有一套自己的理论，可是他的观点却无法被人所接受。为了能寻找有力的证据，他开始对军方发现的这个圆环进行研究，却发现这个圆环是一个高科技产物，通过特定编码的推动能与另外一个圆环联通，形成一个虫洞，可以进行超长距离且耗时极短的空间旅行。为了探知圆环

邪恶的可汗逃脱十五年前被寇克船长拘禁的星球，他本人是一位智勇双全的领袖，但此刻已变成一个邪恶的狂人，他誓言要向寇克船长讨回血仇。于是他先劫持了一艘联邦战舰，后又偷取了寇克船长的儿子和旧情人制造的毁灭性武器。并引诱企业号投入他精心设计的圈套……