変わらない日常、閉じこめられたガラス張りの移民船団。西暦2059年、新天地を目指す銀河移民船団「マクロス・フロンティア」で、パイロットを目指す少年「早乙女アルト」は閉塞感を覚えていた。　そんな時、銀河頂点の歌姫「シェリル・ノーム」のコンサートツアーが船団へやってくる。シェリルに憧れる少女「ランカ・リー」とともに、アルトはコンサート会場にいた。　突如、重機甲生命体「バジュラ」の襲撃を受け燃え上がる船団。　少女たちを護るため、アルトは最新型可変戦闘機VF-25に乗り込む。炎を切り裂き飛びゆく先には、宇宙を揺

A.D.1999，由坠落地球的“谜之战舰”(之后被称之为Macross)带来的Over Technology(オーバーテクノロジー)，揭示了人类历史和远古文明 Proto Culture (プロトカルチャー)之间的丝丝联系。促使人类终止彼此间的战争，一方面面对强大的异星人势力 Zentraedi(ゼントラーディ)和Proto Deviln(プロトデビルン)，用“文化的力量”寻找生存之道，一方面向着银河系进行移民而寻求新天地。最初的Macross，被看作改变了地球宇宙历史的“命运之船”！BigWest(ビッ