一年一度的收获节来临之际，蓝精灵们正在举行一场蓝莓采摘比赛。“小勇敢”因为不满“小聪明”这个九连冠采摘能手所以偷偷尾随“小聪明”来到了蓝精灵禁地——断头蓝谷。原来“小聪明”在这里藏起了大量的蓝莓给自己，难怪他能够轻松赢得比赛。“小勇敢”设计吓走了“小聪明”，谁知“小聪明”在慌乱中掉入了格格巫设置的陷阱，闻讯赶来蓝妹妹跟“小勇敢”也先后被抓，正在这个危机的关头，传说中可怕的无头骑士出现了……

Champion市的犯罪率极低，Amazing队长为了重新吸引公众注意力，想出了一个馊主意：他把关在监狱里的死对头Casanova放了出来，以便再度和他过招，不料竟被Casanova绑架。和所有的坏蛋一样，Casanova准备趁Champion市权力真空之际控制这个城市。这时一群“英雄”出现在公众的视野里。这七个蹩脚的热心青年把自己叫做The Mystery Men（神秘人），他们也确实有一些或者认为自己有一些特殊的本领。在怪博士Heller的帮助下，神秘人誓要从Casanova手里救出Amazing队长

蓝精灵们一直在逃避邪恶巫师格格巫的追捕，笨笨误将大家带进了禁地石窟，由于当时是蓝月，所以大伙都被传送到了当今世界的纽约中央公园内。在这里他们一方面要赶在格格巫和阿兹猫（Azrael）找到他们之前回到自己的蘑菇村庄，另一方面只有三个苹果高的他们也要在纽约这座大苹果之城展开冒险。

一年一度的收获节来临之际，蓝精灵们正在举行一场蓝莓采摘比赛。“小勇敢”因为不满“小聪明”这个九连冠采摘能手所以偷偷尾随“小聪明”来到了蓝精灵禁地——断头蓝谷。原来“小聪明”在这里藏起了大量的蓝莓给自己，难怪他能够轻松赢得比赛。“小勇敢”设计吓走了“小聪明”，谁知“小聪明”在慌乱中掉入了格格巫设置的陷阱，闻讯赶来蓝妹妹跟“小勇敢”也先后被抓，正在这个危机的关头，传说中可怕的无头骑士出现了……