太平洋上的美丽小岛——神海岛。传说，在很久以前那里的海底就存在着古代遗迹“海底宫殿”，并且300年前真实存在过的两名女海盗“安娜·波尼”和“玛丽·里德”曾在那里遗留了大量的宝藏。今次的故事就从这神秘的小岛开始，在小五郎的带领下，柯南一行人前往位于太平洋上的小岛“神海岛”上享受愉快的假日，蔚蓝色的大海和无限的自然风光加上自古以来流传的两个“神海岛”传说让这个小岛成为游客成群的度假圣地。兰和园子在“海底宫殿”附近的海域享受有氧潜水，少年侦探团则玩起了神海岛观光课安排的寻宝游戏。然而，觑意于传说中的财宝的宝藏猎

故事以15年前的北大西洋上一件海难作序幕，这宗海难是有一艘在深夜浓雾中航行的货轮引起。由于未能及时发现航道上有巨大冰山，导致猛烈撞击后引擎室受到重创，整艘船也在不久后彻底沉没。虽然大多数船员顺利获救，但船长与一名船员还是不幸罹难。r而在15年后的东京大都会，大财团的著名设计师在驾车时，突然心脏病发作。连人带车冲向山谷，车子并在坠落山谷后起火燃烧，设计师即场气绝身亡。这两宗分别发生于两个不同年代的意外，绝对预料不到，但是居然是一场天大阴谋的序幕。r幕后黑手选择了豪华邮轮“爱芙罗黛蒂号”，作为展开阴谋的地点。

柯南和少年侦探团在参观一座西多摩新建的双子摩天大楼时，意外的发现了黑暗组织成员琴酒(Gin)。随后又发生了杀人事件。r杀人事件还在继续，共同点是每名死者身边都会留下一个小的酒杯。就在柯南和少年侦探团寻找凶手的时候，琴酒也得知他正在寻找的叛徒雪莉将在不久之后参加西多摩双子大楼的落成典礼，并准备在典礼上将她刺杀。r在典礼会场上，短暂的黑暗之后又有一人被害。现场也留下了小酒杯，显示凶手和之前的为同一人。就在警方和毛利小五郎调查案件的时候，琴酒引爆了藏在大楼内的炸药，销毁了黑暗组织和常磐财团的交易证据，同时将楼顶

怪盗基德再度发出预告信，目标竟然是俄罗斯-罗曼诺夫王朝的皇室秘宝“记忆彩蛋”。柯南与服部联合保护“记忆彩蛋”，但把作案时间推理错误，令基德得逞，但基德于逃走中途被狙击。 自此引出一连串疑问，名侦探柯南，将于大阪解开一连串事件。

目暮警官、小兰的母亲妃英理、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑。

东京、神奈川、静冈、长野等地发生了六宗的杀人事件，由于现场留下了背面刻有字母的麻将牌，因而被认为是由同一案犯制造的广域连续杀人事件。警视厅联合各县警署召开联合搜查会议，毛利小五郎作为特别顾问而加入。事件中的有着诸如麻将牌的含义、第六名被害者死前遗言“七夕……今……”的含义、被害者的共同点、每名被害者都有一样物品被拿走等等谜团。会议结束后，柯南得知山村警官听到了某名警察用手机发送邮件时出现了类似《七之子》的按键声（即黑色组织头目的邮件地址），于是连忙追出，发现那名警察乘坐琴酒的车离去。

毛利侦探事务所突然接到一通威胁电话。之后，路上的汽车就在小五郎的眼前爆炸了！“蓝色的少年与蓝色的斑马，从天而降的雨……”根据犯人寄来的挑战书，若不能解读谜之暗号，便无法阻止接下来的爆炸。小五郎和毛利兰在米花市内来回奔走，却完全找不到破解暗号的方法。另一方面，此时的江户川 柯南与灰原和少年侦探团一起，沉浸在观看最爱的足球比赛的快乐之中。正当比赛渐入佳境之时，从兰打来的电话那里，柯南得知了威胁电话的事情。柯南为了解读暗号独自一人离开赛场，却得知了无人能够阻止的恐怖事实……

第14弹围绕柯南和基德展开。大富豪铃木次郎吉向基德发出了挑战书，在飞往大阪的机上放了稀有宝石，他并未打算让基德得逞，柯南等人也一同被邀请前去。以天空为舞台的头脑风暴即将上演，《天空的遇难船》将呈现！r

发生多起音乐家被暗杀的连续杀人事件。r被杀害的被害人，都是著名钢琴家所带领的音乐学院毕业生。r而他一手创立的音乐厅落成启用，首次特地举办音乐会特别邀请柯南一行人担任与会嘉宾。音乐会的焦点在于巴哈所弹奏的管风琴以及世界著名的小提琴“史特拉第瓦里”的音色，再加上具有绝对音感天才歌手的歌声。但是，就在音乐会活动日开始之前，陆续发生多起可疑事件。然而就在活动当天，柯南一行人所在的音乐会会场突然发生大爆炸。没多久，整个会场就被浓烈的火海所包围…。

一个女人来到小五郎处，请其帮助看守宝石。这女人名叫牧树里，是代表着日本的女演员。她收到预告称有人将会去夺取她所拥有的宝石“命运的宝石”，而预告者正是怪盗基德。小五郎断言：基德将会在树里担任主角的传统话剧的公演最后一天前来盗宝。于是第二天，柯南，小五郎，小兰还有少年侦探团一起前往传统话剧公演的东京汐留。柯南对小五郎的推理充满疑问，于是自己推理基德的出现。然而，在那里出现的竟是工藤新一！