人理续存保障机构·迦勒底，对于仅凭魔术无法看见的世界，仅凭科学无法计算的世界进行观测，为了让已被证明会灭亡于2017年的人类史存续下去，日夜持续着活动。人类灭亡的原因，是在历史上数个地点突然出现的“无法观测领域”——“特异点”。迦勒底唯一残存的御主·藤丸立香，与亚从者玛修·基列莱特一同介入这些特异点的事象，从而执行将其解明或破坏的禁断仪式——“圣杯探索 Grand Order”。这一次新发现的是第七个特异点——纪元前2655年的古代美索不达米亚。 由结束了不老不死灵草的探索的“天之楔·贤王吉尔伽美什”所统

失落之室——。这是一个可以看到被夺去亦或是遗失之物的地方。这是位于迦勒底被遗忘的角落，不属于任何人的地方。

在经过七个特异点的大战后，人理存续保障机关迦勒底，终于到达了圣杯探索的最终地点——终局特异点 冠位时间神殿所罗门。他们要击败身为罪魁祸首的魔术王所罗门，夺回未来。在开战的前一刻，一行人各自度过了一段时光。罗马尼·阿其曼思索起自己将要做出的选择，以及玛修那即将迎来终点的生命。而即将投身最后一战的藤丸，正在试穿全新的礼装。为了迄今为止的诸多相遇，以及从今往后的诸多未来，藤丸和玛修踏上了最后的战场。