小师爷生长在江南古镇绍兴，在东方文化和老师爷的熏陶下，他立志做一名顶天立地，为国为民的大师爷。绍兴城中突发了几起盗窃案，并且作案手段一致。全是利用神仙粉使人神智不清，盗取钱财。因为受害者都不记得之前的事，小师爷只能地毯式搜索查找线索。查到孙氏米粮店时，孙不出的古怪行为引起了小师爷的注意。

该动画承接《神探四豆星Ⅱ》的故事，继续讲述四位小侦探们解决星球上发生的离奇案件的故事。

小师爷是生长在江南古镇绍兴的天才儿童，受师爷文化和老师爷的影响，立志做一名顶天立地，为国为名的大师爷。绍兴历年来都有公祭大禹的传统，这一年京城传来消息，皇上要亲临绍兴参加祭禹大典，届时将邀请各国使臣共同见证盛大仪式，京城特派神勇大将军张不狂提前赴绍监督各方面的准备工作。大将军因为小师爷的机智，特选中他协助自己的各项准备工作。在神勇大将军和机智勇敢的小师爷的配合下，绍兴城各方面的准备工作井然有序地进行起来。

阳光明媚的一天，柯南、小兰以及少年侦探团的伙伴们随同毛利小五郎来到大阪，参加在当地举行的“高中生皋月杯”百人一首和歌大赛。期间，他们还见到了彼此的好友服部平次和远山和叶。就在比赛进行中途，一封爆炸预告信送到电视台，警方迅速行动起来组织疏散。疏散一半时，爆炸突然发生，结果平次与和叶被困在建筑物中。而在一连串的混乱过后，一位皋月杯相关人员的尸体突然出现在众人面前。迷离的案情再度引起柯南的注意。

讲述了以木木豆为首的四位小侦探各展所长破获各个星球离奇案件的故事。

小师爷真名施野，出身于一个师爷家庭，其父为绍兴县府里一名堂堂的师爷。小师爷梦想成为一名顶天立地的师爷，并得到《师爷宝典》。然而，《师爷宝典》蕴含着中华文化的精髓，很多人想得到这本书。老师爷怕大家争夺《师爷宝典》，对小师爷不利，决定不把《师爷宝典》给小师爷。小师爷知道这个消息后，决定用自己的勇气和智慧保护《师爷宝典》。因此，一场《师爷宝典》的争夺战和保卫战开始了。最后，小师爷顺藤摸瓜，用勇气和智慧克服重重困难，最后找到了幕后神秘人，解决危机。

小师爷是生长在江南古镇绍兴的天才儿童，受师爷文化和老师爷的影响，立志做一名顶天立地，为国为民的大师爷。皇帝最宠爱的十格格来到绍兴城。骄纵任性的十格格在城里闹了很多笑话，还给大家增添了许多麻烦。小师爷用智慧和勇气解决了接连不断的麻烦，更以真诚和善意获得了十格格的友谊。在小师爷的帮助下，十格格纠正了自己的缺点，成为一个善良、热情的好姑娘。

小师爷父亲施随安为磨砺儿子，在绍兴城内散发行侠令。小师爷通过行侠仗义获得十张行侠令便可得到梦寐以求的《师爷宝典》。在这个目标的激励下，小师爷更坚定了乐于助人的信念，用智慧和勇气帮助身边的人，开始了一场寻找行侠令之旅。

包公带你巧破惊奇大案

毛利侦探事务所突然接到一通威胁电话。之后，路上的汽车就在小五郎的眼前爆炸了！“蓝色的少年与蓝色的斑马，从天而降的雨……”根据犯人寄来的挑战书，若不能解读谜之暗号，便无法阻止接下来的爆炸。小五郎和毛利兰在米花市内来回奔走，却完全找不到破解暗号的方法。另一方面，此时的江户川柯南与灰原和少年侦探团一起，沉浸在观看最爱的足球比赛的快乐之中。正当比赛渐入佳境之时，从兰打来的电话那里，柯南得知了威胁电话的事情。柯南为了解读暗号独自一人离开赛场，却得知了无人能够阻止的恐怖事实。