幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天，“这样的时间能够一直持续就好了”理树所期望的只有这样。某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍，理树则开始了寻找成员的任务。在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们，和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。经历了许多快乐的事情，同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。在最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。然而，这并不是结束，和来谷唯湖

Gatchaman是装备有特殊强化服饰的战士的总称，在服装商装备有作为力量之源的「NOTE」，它能将生命体所持有的精神性特异能力实体化。地球的Gatchaman评议会是由被派遣的宇宙人、潜在能力者所共同构成，Gatchaman评议会设立的保护观查处的使命则是保护地球，免遭异星犯罪者们对地球的资源以及生命的掠夺。近年来，评议会正在对正体渐渐清晰的迷之存在「MESS」进行监察，针对其的任务也在进行之中。

故事发生在日本群雄割据的战国时代。当时比较有实力的武将们以成就天下霸业为目标，导致在日本全国持续不断地发生着大大小小的战役。这其中包括了甲斐的武田信玄、真田幸村；越后的上杉谦信；近江的浅井长政；安芸的毛利元就；土佐的长曾我部元亲；三河的德川家康……这是一个不折不扣的乱世。 由武将们挑起的的战火席卷全国……

距欧拉贡消失已经过去了三个月，大家都回到了平常的生活中。某日，莲接到了玄马的电话，说在神之原东部出现了怪物反应，现在正在往中心部接近。玄马发现这只怪物的能量反应，与消失的欧拉贡十分相似。

在正篇中讲述五个童年玩伴曾经在小的时候组成了一个的小组织“Little Busters”，长大后升入高中的他们为了享受最后的高中生活，组建了一支棒球队名字依然像小时候一样叫作“Little Busters”，之后棒球队的成员们遇到了各种各样烦恼的故事。本作作为特典动画，剧情分别由二木佳奈多、笹濑川佐佐美、朱鹭户沙耶这三名在正篇剧情中属于配角的女性角色，主要围绕她们各自的故事展开。