讲述了唐炳霖、唐炳昱和武广仁、王德如等人与要塞的国民党军统特务头子夏忠民等人展开了一场场扑朔迷离、险象环生、斗智斗勇，大起大落的生死较量的故事。

一场血腥殊死巷战之后，日军投降。百姓欢欣鼓舞。军民庆功宴上，一个懂日语的少年听到日军炸桥消息，却无人相信。我军队长杜康临危受命，从前军统特务万汉源所发密电“宫保鸡丁，过桥米线”中破译出“保桥”信息，与万汉源一同前往大桥设计师何凤祥的住处。 ——每一座大桥都会有一个“心脏”，在这个薄弱环节很容易就能摧毁大桥，但这个心脏的位置只有设计师知道。万汉源告诉杜康，何凤祥不仅是唯一知晓大桥心脏的设计师，还是自己女儿的养父！此行不仅是为了保住大桥图纸不落入敌人手中，更是营救自己的女儿和挚友！可两人迟了一步，日军残忍杀害

该剧讲述了一个中共地下党员和一个国民党情报人员之间长达7年的“无间道”式故事。许少清和刘永强是“三和无线电学校”同窗好友，分别服务于中共上海地下党和国民党军统局。他们各自表现出色，一次一次向组织提供了关键情报，为抗日战争的胜利立下功勋。解放战争来临，让许少清和刘永强彼此成为未知的对手。他们机智地化解了一次又一次针对自己严厉审查，绝处逢生！终于有一天，他们怀疑对方就是自己千方百计要为组织清除的卧底。针锋相对，错综复杂，设下一个又一个陷阱，试图让对方显形。辛晴是许少清的上线，也是他的爱人，可因为工作纪律的限制

《最后的99天》取材于真实的历史事件，讲述了解放前夕，在距新政协预定的会期还有99天之际，上海地下党为了争取并掩护民主人士北上参加第一届新政协会议，一对同父异母的兄弟即共产党人肖昆和国民党军官肖鹏之间，展开殊死搏斗的故事。

国民党保密局北原站行动组组长郑亚昌坐在电台侦测车里发现了附近的信号源后展开行动，中共北原市地下党报务员马汉斌正在接收电报，他还不知道危险的来临。军统弄开大门后悄悄进入楼中，马汉斌感觉到危险的存在，马汉斌见军统到后慌忙从屋顶逃离，郑亚昌带人追赶上了马汉斌，马汉斌被抓前将接到的电文吃入嘴中。国民党保密局北原站站长欧阳震也识破了“南山”，“南山”开枪打死他。

1950年国庆前一个多月，我潜入国民党情报机关的特工“中华一号”仲华搜集到了敌方针对我国庆活动而精心策划的一个绝密情报——天字一号计划，随即通过我驻扎在香港的特工009将其发报传送回北京的201情报处，不料被敌方安插在201的卧底“蝎子”得知，马上密报台湾总部，009暴露，仲华也被国民党情报机关的头目陶然怀疑。此事件随即引发敌我双方上层的高度重视，一场彼此抓“内鬼”的无影战役拉开了帷幕。

1945年日本正式投降，盟军总司令部和远东军事法庭日以继夜的大规模搜查和甄别日本战犯，东京大审判成为战后最为重要的事件之一。负责安全转运战犯资料的马昀飞，在运送途中却突遭袭击。万分危急之下，马昀飞凭着矫健的身手和过人的胆识，从战火中及时抢救出存有战犯资料的保险箱。但当董玉清打开保存完好的保险箱时，却并未发现那本关键的日记本。董玉清授命马昀飞暗中秘密调查日记本的下落。

1949年，虽然解放战争接近尾声，在上海，敌人的力量仍无比强大，甚至无坚不摧。所有的主动都掌握在敌人手中，而我们革命者则无时不处在敌人摆下的天罗地网和重重圈套之中。中华和芷寒在对话，他要用自己死来证明自己不是飞鹰，没有了中华，飞鹰将无法隐藏，他的死将让地龙和飞鹰没有了挡箭牌，枪声响了。军统方面也正准备清剿上海地下党组织。

1948年的北平，守城的国民党108师副师长接到密令，要在北平主要的名胜古迹开掘地道或暗室，并提前埋装炸药，一旦北平失守，就同时引爆，以使共产党接收一座死城。此次行动的代号为“X计划”。仁德医院的护士林倩如因曾被青年周伯勋搭救过对周伯勋产生了好感，周伯勋称自己是国民党军医，但他的行踪却有些诡秘。

1949年，新中国解放前夕，党中央做出了百万大军过大江的英明决策。渡江之后，捣毁总统府，解放南京城，解放全中国。在这一重大历史事件的背后，有无数忠诚的卫士为此献出了生命和鲜血。潜伏在国民党军队中的我军高级情报人员肖建秋，承担了为我军提供过江情报的重要任务。他在险恶的环境下与敌人斗智斗勇、百折不挠，出色地完成了这个不可能完成的任务。