琴（法米克·詹森 Famke Janssen 饰）的死亡在X战警中造成了持续的影响，斯科特和金刚狼罗根（休•杰克曼 Hugh Jackman 饰）恍然若失。学院的教学任务落在了风暴女（哈莉•贝瑞 Halle Berry 饰）和金刚狼等人的肩上，异种人在这里才能得到身份的认同。某公司从一名异种人儿童的基因中提取出了还原变异的X基因的“解药”，可以令异种人的身体与常人无异，解药的问世在异种人中引起了强烈反响，万磁王（伊安•麦克莱恩 Ian McKellen 饰）四处联系不愿改变体质的异种人，试图用暴力反抗人类

该片改编自佛罗莱恩·泽勒的同名戏剧作品，讲述了当他的前妻凯特和他们十几岁的儿子尼古拉斯出现时，彼得和新伴侣艾玛以及他们的孩子的繁忙生活陷入混乱的故事。

贫苦的冉·阿让为了挨饿的孩子去偷面包，结果被判处19年的苦役。出狱后，走投无路的他偷走了收留他过夜的主教的银器潜逃，被警察捉回。主教声称银器是送给他的，使他免于被捕。主教的言行感化了他，他化名马德兰，从此洗心革面奋发向上开始新生活。但缉拿过他的警长沙威却一心要找他麻烦。在得知了芳汀的悲惨遭遇后，他承诺照顾她的私生女柯赛特。八年后，柯赛特爱上了共和派青年马利尤斯，轰轰烈烈的巴黎人民起义爆发了，无赖德纳迪埃和他又狭路相逢，而多年来从未放弃追捕他的沙威又出现在他的面前…