白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹 饰）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰 饰）、十三姨（关之琳 饰）与梁宽（莫少聪 饰）异常气愤。在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林 饰）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智未开，不惜与纳兰元述决一死战。

晚清末年，封闭多年的古老中国被西方洋舰大炮轰开了大门，时代发生着具大的变化。正值壮年的拳师黄飞鸿面对这大时代的变迁，感到非常迷惘。他曾苦练了三十多年的拳脚，面对洋枪洋炮，十八般武艺还有施展的空间吗？从医多年的中医医术，面对着西方的新医术。还有生存的余地吗？

清朝末年，曾任黑旗水军教头兼民团总教练的广东佛山武师黄飞鸿常在宝芝林教人练武，期望借此自强救国，可是眼见政府苟且偷生洋人横行霸道，他渐渐领悟到单凭武术不足以使民众从苦海中脱离，开始努力找寻其它救国出路。梅县梁宽在戏院结识黄飞鸿的恋人十三姨，后与黄飞鸿出生种种误会，终投武夫严振东门下与黄飞鸿成为敌手。严振东与洋人连手鼓吹美国是金山世界，将包括十三姨在内的大批中国妇女骗掳上洋船，梁宽此时幡然醒悟，明白黄飞鸿是友非敌，在他的帮助下，黄飞鸿开始与洋人及其爪牙展开浴血奋战。

　《少年黄飞鸿》讲述了在清朝道光年间，少年时代聪明绝顶、机智过人调皮捣蛋的黄飞鸿，与一帮伙伴，锄强扶弱，与黑恶势力作斗争，并最终成为一代宗师的故事。

晚清期间，黄飞鸿作为南派少林武功传人，在佛山一带已具盛名。某日，黄带同徒弟梁宽及牙擦苏到广州接远从美国回来的十三姨。三人路经铁路工地时，无故惹来工程总管十一少粗暴对待，继而产生争执。不久，黄因出面阻止十一少在闹市胡作非为，双方积怨日深。十一少后得悉黄与反清志士来往，密报提督将其收监并施以凌辱……　

黄飞鸿凭一招“佛山无影脚”战胜石坚后，本以为可卸下宝芝林传人及一代宗师的虚名，怎料经过此役，佛山居民视他有若神明，更有各地民众蜂拥而来，欲一睹鸿之风采，令鸿不胜其烦。某日，广州有人来邀请黄飞鸿及徒弟等人前赴广州为粤北山区灾民筹款，实则终饱私囊。鸿最初拒绝，及后与猪肉荣相识由荣假冒鸿应付一切应酬，而自己却四处游玩偷闲。途中，鸿遇上灾民成对东，言谈间明白东到广州的目的除为乡间筹钱外。

八国联军入京，朝廷出奔，举国局势一度混乱。黄飞鸿与父亲黄麒英、十四姨、徒弟梁宽、鬼脚七一行人南下番禹，欲与十三姨、猪肉荣、牙擦苏汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓发生误会，两帮人不打不相识，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役领班谢四指使。原来南海海盗趁局势混乱，活动频繁，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义，遂放弃赴港计划，与当地海盗单眼英、张云麟、张保仔等人展开连场搏杀……

德叔有一身少林武功，到美国开了个宝芝林医馆，兼授武术。叛徒尊尼另开武馆，并来宝芝林寻衅，用下流手段打伤德叔，企图独霸美国武林。德叔大弟子杰到美国探师，与当地少女安娜发生误会，被拘入警局。杰在警局与警员发生友谊，并于德叔团聚。尊尼不甘心，继续聚众闹事，杰挺身而出，巧妙的利用警方把他们绳之于法，为达到报复的目的，尊尼把安娜吊在摩天大楼上，引诱杰来拼命。一个武林清理门户，除掉叛逆洋徒弟...

黄飞鸿，十三姨和鬼脚七三人远赴美国旧金山，只因一年前牙擦苏在美国开设宝芝林至今终于扎下了脚跟。黄飞鸿于路搭救了落难的美国快枪手比利，不想他们的旅队被林中埋伏的印第安人冲散，黄飞鸿为救十三姨落入湍急河流，头部受撞击后下落不明。十三姨和鬼脚七被人救起送至宝芝林，牙擦苏得见二人大喜过望，为这华工颇受镇长欺侮的小镇生活增添了生机。比利因出众的枪法受雇为助理治安官，对华人颇有好感的比利凭一...

一心想去广州闯荡的少年黄飞鸿，无奈被迫去上学后，通过周十三和陆一白的帮助，最终拿到了去广州考试并有可能留洋的资格。去到广州后，却发现了海公公为首的朝廷保守派对此番赴广州的考试的阴谋，他们决意阻挠洋务派的留洋行动，最终黄飞鸿以一人之力与海公公抗衡，挽救大局，得以让留洋行动正常进行。