清朝末期，清政府由于闭关锁国导致经济衰退。黄飞鸿因民族大义、家国情怀而错过与十三姨的婚事，导致十三姨心灰意冷出走上海。黄飞鸿为了寻回十三姨加上找回丢失的墨龙图也随后前往上海。十三姨来到上海投奔了自己的外国同学皮特，多年来皮特一直对十三姨心存爱意，对十三姨的到来十分的开心。但十三姨心中还是惦记着黄飞鸿。而在寻找墨龙图的过程中，黄飞鸿陷入黑帮纷争，遭人陷害不幸入狱...

甲午战败，丧权辱国的《马关条约》签订后，日本尝到甜头，又想武力强占东沙群岛，进而吞并西沙群岛、南沙群岛。军机大臣张之洞坚决主战，并以钦差大臣的身份前往广州整军备战，于是成为日本人的眼中钉。 日本人知道以慈禧为首的大清当权派根本不敢再战，怎奈民怨沸腾，才态度暧昧，放任张之洞便宜从事。因此他们想摆平张之洞，又不敢明目张胆的自己动手，怕激起更大的民愤，到时清廷不想战也得战了。于是以服部一郎、川岛雪姬为首的日本杀手秘密组织——神奈社，买通白莲教，抓走张之洞大人。 黄飞鸿和他的徒弟们以身犯险查询线索、开始了营救张之

黄飞鸿（李连杰 饰），十三姨（关之琳 饰）和鬼脚七（熊欣欣 饰）三人远赴美国旧金山，只因一年前牙擦苏（陈国邦 饰）在美国开设宝芝林至今终于扎下了脚跟。黄飞鸿于路搭救了落难的美国快枪手比利（Jeff Wolfe 饰），不想他们的旅队被林中埋伏的印第安人冲散，黄飞鸿为救十三姨落入湍急河流，头部受撞击后下落不明。十三姨和鬼脚七被人救起送至宝芝林，牙擦苏得见二人大喜过望，为这华工颇受镇长欺侮的小镇生活增添了生机。比利因出众的枪法受雇为助理治安官，对华人颇有好感的比利凭一己之力予以华工帮助。失去记忆的黄飞鸿被印第安

一日，黄飞鸿与众徒弟前往茶楼饮茶，见到父女两人在外卖艺。黄飞鸿甚为欣赏，遂命徒弟打了赏钱。父女二人上前道谢，认出了大名鼎鼎的黄飞鸿师傅。夜晚，父女二人无意间听到俩僧人在谈论黄飞鸿的只言片语，就一路跟踪到能仁寺。在寺庙内，两人发现朝廷的捕快正和僧人在商议贩卖人口的计策。但不料行踪被发现，结果父亲被打伤，女儿只好逃出去向黄飞鸿求救…

晚清末年，大清帝国摇摇欲倒。面对外敌来袭，慈禧太后鼓励民间习武抗敌。李鸿章为了逢迎太后，举办起一年一届的“狮王争霸”大赛。“狮王争霸”其实就是各门各派舞起狮子头，以武力争夺锦标。

王麒英文武双全，尤以十字拳及无影脚名震江湖，使歹徒闻之胆怯，麒英桃李满门，惜独得一子飞鸿，故麒英对飞鸿爱护有加，徒儿之中，有名术赤浪者，为人精明勤奋。好学不倦，深得同门敬重，然后麒英却深察术性冷情绝，实不宜学习中国武术，恐于学成后祸己害人，送赠金使其引退，然而术却误认英对己心存偏见，一怒而去。 时光飞逝，当飞鸿及冠而尚于赏花门之年。麒英见焦故舞弊。英猝然而去。飞鸿被迫继承父业，承担主持宝芝林业务。因飞鸿年少招致同门大师兄威不满，以资历经验为大前提，迫黄飞鸿退位，否则将以武力解决，飞鸿本志不此，然好胜贪玩与

黄飞鸿夺得狮王争霸金牌后飘然而去，一时间广东会馆高朋云集纷纷做贺，八旗将军府副都统阿兰成都大人登门拜访，原来八国联军欲使用各自的巨型赛狮挑战清廷，为维护国体，黄飞鸿决定出战与阿兰将军共赴国难。梁宽再度惹下事端被黄飞鸿驱逐，无奈只得与鬼脚七等找到在北京办报的十四姨求助，黄飞鸿亦赶到报馆，却与十四姨卷入了红灯照在租界内屠杀洋人的事端，黄飞鸿出手救人，与红灯照大师姐苗三娘一同被德国兵士关押拷打。越狱而出的黄飞鸿从红灯照手中救出了众亲人，然而却因此错过了赛狮，阿兰成都将军孤身战死。黄飞鸿为国为友，满腔豪情二次挑战

恶霸顾宗武，企图垄断码头搬运生意，唆使手下向朱贵属下工人捣乱，朱贵调解后返家，邀黄飞鸿师徒到肥肥姐姐玉英之酒楼设宴为黄飞鸿接风，黄飞鸿并收小狮子为徒。一日，顾手下因追捕一名逃走少女，与郝镖等众爪牙包围黄飞鸿，拟将众人灭口，飞鸿与小狮子与对方斗智，以绝技将顾等人消灭。

黄飞鸿的侠义事迹曾多次被搬上银幕，本片由资深导演王风执导，饰黄飞鸿、石坚饰申九蚣，配搭新鲜。故事讲述，黄飞鸿（史仲田）是清末民初名震岭南的着名拳师，平素以行侠仗义、排解纠纷为己任；除了设馆授徒之外，并医治跌打济世，在武林中极有声望。某天正值黄飞鸿宝芝林药局新张吉庆，德记?栏主人周立德（井淼）前来道贺，并希望黄飞鸿能够帮助他在来年观音诞时抢得丁财炮……

清朝末年，林世荣来到广州，成为一名屠夫，外号“猪肉荣”。一次，林世荣因抗拒阿太前来猪肉摊收保护费，与阿太成了不打不相识的朋友，并得知阿太正在悄悄拉帮结派，为的是对付几个明里开武馆、暗里收集情报的日本人。林世荣与阿太联手，经一番恶战，终将日本人的阴谋粉粹，阿太为此牺牲，林世荣决定拜黄飞鸿为师，练好功夫，为保护百姓出力。