《精灵宝可梦》动画改编自同名游戏，讲述了立志成为宝可梦大师的小智和皮卡丘结伴旅行的故事。一路上，小智邂逅了不少同伴、劲敌、好友，和他们展开了一次又一次冒险。《精灵宝可梦 无印》共分为关都地区石英联盟、橘子群岛橘子联盟、城都地区城都联盟三个部分，因本作品无副标题，故又称为"无印"篇。

　　故事描述小智与皮卡丘、艾莉丝、天桐一行人正搭乘火城前往洛祥的旅途中，在行经山区时发现一只从未见过的神奇宝贝，但它却受了伤一动也不动。其实它正是被称为三位圣剑士的后继者，梦幻的神奇宝贝‧凯路迪欧。就在此时，最强的龙系神奇宝贝酋雷姆突然来袭！面对能变换成焰白酋雷姆与闇黑酋雷姆两种型态，并拥有压倒性力量的酋雷姆，小智一行人千钧一发逃过酋雷姆的追击。面对酋雷姆的穷追不舍，在行进列车与飞行船间发生战斗，他们能否战胜这次的强大挑战呢？

小智与皮卡丘小智一行人在旅行途中，遇见拥有“能从光环拿出所有物品”能力的幻之宝可梦—胡帕，以及照顾它的少女“梅雅利”。爱捣蛋的胡帕，以从那个神奇光环中拿出它最爱的甜甜圈，还有各种物品来吓人为乐。喜欢捣蛋又天真无邪的胡帕，还称呼小智和皮卡丘为“小知”跟“皮卡”，彻底成为好朋友的胡帕和小智等人，决定一起去旅行。

从神奇宝贝研究的权威大木博士获得第一只神奇宝贝小火龙的少年小赤展开了冒险。小赤的目的就是为了帮博士完成神奇宝贝图鉴的收集工作。因此他和小火龙一起和各种神奇宝贝相遇并战斗。在战斗中，小赤遇到了作为对手的小绿，并和其一起与火箭队展开战斗。为了与火箭队的BOSS坂木展开对决，他们在去挑战的过程中与各种未知的神奇宝贝相遇！　　值得怀念的「神奇宝贝红·绿」的崭新的冒险故事从现在开始登陆动画平台，从绚丽的动画复苏!!

神奇宝贝不可思议的迷宫 时之探险队・暗之探险队

心中怀着新的理想告别了合众地方的同伴天桐和艾莉丝，立志成为宝可梦大师的小智带着皮卡丘来到了卡洛斯地方，在卡洛斯地方与新认识的旅行伙伴莎莉娜、希特隆、柚莉嘉三人和新的宝可梦相遇的冒险故事。

小光是一个住在新奥地方的10岁女孩儿。今天是她以新人训练家的身份出去冒险旅行的值得纪念的日子。首先，为了得到最初的神奇宝贝，小光以隔壁城镇的神奇宝贝研究所为目标出发，然而却完全迷了路。正巧这个时候，研究所里新人用神奇宝贝树苗龟、小火猴、圆企鹅开始打架引起了大骚乱！而且，神奇宝贝们从研究所逃了出来，这下子事态更加严重了！历经风波的小光的启程，究竟会变成怎么样呢！？