以敏锐推力解决无数困难案件的高中生侦探工藤新一深受媒体青睐，也得到了警视厅目暮警官的赏识。新一的学校决定举办为期三天的修学旅行。但在出行前一天，新一收到一封内容为“修学旅行中，我将绑架你的同学”的挑战书。上面还写着“只要保护好同学就是你赢，否则要你奉还‘高中生侦探’的名号。提示是船上”。新一和犯人之间即将展开生死搏斗！

大雨瓢泼的都市，邪恶欲望肆意横行。不经意间残忍而血腥的猎奇案件接连发生，有的人被饿犬撕咬而死，有的人被割掉和出生时同样重量的肉而死掉，有的被平均切成两半分送给妻子与情人，有的则被冻在冰柜中永葆不老的青春，更有人嘴里被塞满了大大小小的钉子。正为家庭矛盾所苦恼的搜查一课刑警泽村久志受命追查此事，随着调查的深入，他发现凶手全系一人所为，而且热衷在雨天行凶作案，之后他更发现所有死者全与许多年前的一起案件有关，偏偏泽村离家出走的妻子也被卷入其中。争分夺秒的追查，凶手已对泽村亮出獠牙……本片根据日本漫画家巴亮介的同名

2023年，东京。东山总理（仲村亨饰）在世界环境会议上，高调地表明了“COMS”的进一步推进。接着，官房长官长沼周也（杉本哲太饰）宣布，东山将以“未来的日本”为目标，召集各省厅优秀的年轻官员，成立“日本未来推进会议”。环境省的天海启示（小栗旬饰）、经产省的常盘纮一（松山研一饰）也入选了。某天，网络上刊登了一篇田所雄介（香川照之饰）的报道，他敲响了关东沉没的警钟。因为这篇报道，一部分团体发起了示威，天海为了平息事态与田所见面。但是，田所对天海的话充耳不闻，并发出了预言，不久后伊豆海域会有一座岛沉没。抱着一丝

铃木财团最新的高级酒店落成，小兰（黑川智花 饰）、阿笠博士（田山凉成 饰）、柯南（藤崎直 饰；高山南 配音）、灰原哀（柴田幸花 饰；林原惠美 配音）受到园子（岩佐真悠子 饰）的邀请出席了隆重的开幕仪式。与此同时，“日本小姐”评选大赛庆功宴也在酒店同期召开，可就在此前不久，针对日本小姐获奖者寿可怜（奈都纪 饰）的威胁书送到了负责人的手中。当所有人都高度紧张的时刻，可怜突然失踪，当她再次出现在众人面前时，却已被杀害，以提线木偶般的恐怖形象登场。诡异的是，柯南和哀在吃了某个蛋糕后神奇地恢复成工藤新一（小栗旬 饰

工藤新一（小栗旬）这晚收到挑战书，称将有他的同学在修学旅行的船上被绑架，若新一不能保护好同学，须让出“高中生名侦探”的称号。新一本对修学旅行没兴趣，这封信令他次日赶到学校与小兰（黒川智花）、园子（岩佐真悠子）及班里另外约30名同学会合。众人刚登上旅行用船，新一即把目光投向代理班主任北岛慎吾、导游西田麻衣、船长东邦夫（松重丰）及船员南田恭介（西村和彦）等人，时刻保持着警惕。但园子仍神不知鬼不觉失踪。着手调查尚无头绪，他再接绑架预告电话……

大雨瓢泼的都市，邪恶欲望肆意横行。不经意间残忍而血腥的猎奇案件接连发生，有的人被饿犬撕咬而死，有的人被割掉和出生时同样重量的肉而死掉，有的被平均切成两半分送给妻子与情人，有的则被冻在冰柜中永葆不老的青春，更有人嘴里被塞满了大大小小的钉子。