伊森·亨特（汤姆·克鲁斯 饰）需要承受自己过去行为所造成的后果，导致整个IMF任务小组都陷入危险。

伊森·亨特和队友们接到了追回三个大杀伤性核武器的任务。眼见任务马上就能完成，但为了挽救其中一位队友卢瑟的生命，三个核武器被人趁机带走。中情局负责人斯隆女士调来她手下的得意猛将沃克，让他盯着伊森·亨特完成追回核武器的任务。期间，女特工伊尔莎突然出现，伊森·亨特发现，他要面对的并不只是恐怖分子，还有潜藏在政府部门的内鬼。

杰克·雷彻回到他待过的弗吉尼亚军事基地，与一名现在已经晋升为指挥官的女子约会，然而当他到达那里时，发现这名女子已被拘捕，而他也面临殴打他人和与女人养育私生子的指控。遭人陷害的杰克必须弄清楚事情的真相以使自己洗清不白之冤。

资深特工伊森·亨特也有百密一疏时刻，他在接收最新任务时遭到神秘组织“辛迪加”的暗算落入对方手中。辛迪加是一支由全球各地前特工组成的秘密组织，此前一直被CIA视为空穴来风。在对方成员伊莎·福斯特的帮助下，伊森逃出生天，并及时向威廉•布莱德汇报了辛迪加确切存在的消息。然而此时布莱德的日子并不好过，他负责的IMF机构因俄罗斯核弹头等事件遭到CIA指控并责令解散。在得知该组织密谋刺杀奥地利总统时，伊森联系上了老搭档班吉·邓恩展开行动，并于谜样女郎伊莎再度相会。 接下来的一连串事件中，辛迪加的真面目逐渐揭开，而他们

未来世界陷入外星人入侵的恐慌中，军事演说家凯奇中校畏惧上战场，他从没想过将军会让他去指挥即将开始的“诺曼底战役”，拒绝接受命令之后将军居然恶整了他，那就是把他当做逃兵扔进了军营中。凯奇被归入了J小队中进行战斗，战役的第一天就惨死在战场，没想到这一死让他拥有了时空循环的能力，而唯一相信他的人就是被称为“全金属战士”的丽塔·沃拉塔斯基。二人开始了时空循环作战，在训练凯奇的同时他们发现了控制时间的奥秘，这与外星人“主脑”欧米茄有关，但是唯一能取得胜利的方法就是让凯奇不断死去、不断重启时间。在不断重复登陆那天的战

当特工伊桑·亨特在莫斯科执行一个秘密的间谍活动的时候，一个恐怖分子安置的炸弹炸掉了俄罗斯的标志性建筑：克林姆林宫。俄罗斯政府随即宣布，这起袭击已经超越了一般的恐怖袭击的范畴，是完完全全的“战争的挑衅”。俄罗斯政府的论调让它的对头美国政府如坐针毡。无奈之下，美国政府只好就近派出了自己最强的特工伊桑·亨特，在俄罗斯执行一个叫做“幽灵协定”的秘密计划。　　为了让亨特拥有完全的自主权，美国的特工组织让亨特和他的三个搭档从监狱中逃了出来。因为没有官方记录、没有后援、没有支持，亨特只能依靠自己的力量来完成行动。在异国

雷费瑞尔（汤姆克鲁斯 Tom Cruise 饰）和妻子离婚了，一儿一女都跟母亲生活——因为他的的贪玩懒散，疏忽责任，这个家庭才如此支离破碎。一场外星人入侵的灾难却让他们重新建立起亲密的的关系。 这天妻子繁忙，只好把儿女交给雷照顾。电闪雷鸣天色灰暗，一切好像有些异样。果然，马路上赫然一个庞大的三脚飞行器掘地而起，邪恶的火星人关顾了这个本来平静的小镇。人们四处逃亡，雷也带着女儿奔走逃命，开始了生死历险。当局想尽办法对付外星人，却屡屡失败，整个世界都陷入了恐慌当中。 有了父爱的本能，平日吊儿郎当的父亲变得英勇顽

19世纪的爱尔兰，英俊健硕的佃户青年约瑟·多尼利（汤姆·克鲁斯 Tom Cruise 饰）遭遇丧父之痛。为给父亲报仇，这个莽撞的青年决心杀死地主丹尼尔·克里斯迪（Robert Prosky 饰）。阴差阳错让他功败垂成，不过却因此邂逅了地主美丽的女儿夏莲（妮可·基德曼 Nicole Kidman 饰）。与保守的父母不同，个性张扬却又娇贵单纯的夏莲一心离开故土，到外面闯荡天地。　　偶然机缘，夏莲和约瑟结伴而逃，登上了开往美国的轮船。但是他们的旅途从一开始便充满了不幸，夏莲的家当被人或骗或抢，口袋空空。两人暂住

朗（汤姆•克鲁斯 Tom 饰）自幼就是一个争强好胜的男孩，向往男子汉的生活。年轻的朗被总统那潘那番充满煽动性的越战演说彻底征服，一种挑战和为国牺牲的冲动在朗的内心渐渐滋长。一次摔跤比赛的失利，令一向要强的他毅然告别了恋人唐娜和大学生活，踏上了从军参战之路。 　　然而，来到了越南的朗并没有在这里找到向往已久的英雄气概，反而目睹一出出反人类的悲剧。朗的好友威尔逊也在一次混战中死于朗的子弹，不久，朗中弹瘫痪被送回了美国。 　　坐在轮椅上的朗仍然坚持着对美国发动的战争的信仰，但女友唐娜重遇了朗之后，痛心的认为朗的

特工汉纳威执行任务时遇害，核机密文件被女杀手莫伦截获。为了找回文件，特工班吉和简从俄罗斯监狱救出了亨特。他们接受的幽灵协议任务便是从克林姆林宫盗取核军事密码。当他们接近目标时，却发现恐怖分子亨德里克斯捷足先登，抢走了核军事密码。在爆炸中，亨特受困医院，遭俄特工追捕。亨特的上司也在混乱中丧生，剩下其助手布兰德与亨特死里逃生，加上班吉和简，逼上绝境的四人开始了最后一搏