在地下深处，存在一个美丽的国家“钻石矿国”，有“宝石宝可梦”之称的小碎钻们在这里和平生活。存在于这个国家的巨大钻石“圣洁钻石”，长期以来作为重要的能量源泉，一直发挥着维持矿国一切活动的作用，但如今它的生命即将耗尽。这样下去这个美丽的矿国将会灭亡！就在这样的背景下，蒂安希遇到了小智和皮卡丘。为了寻求神圣之力，他们踏上了寻找“生命宝可梦”哲尔尼亚斯的旅程。在这段旅途的前方，等待着他们的有盯上蒂安希的盗贼们，还有曾经令卡洛斯地区所有生命灭亡的“破坏宝可梦”伊裴尔塔尔的沉睡之茧——究竟蒂安希最终能否拯救自己的国家

小智一行人抵达了小光预备参加神奇宝贝华丽大赛的白杨镇，在那里他们认识了驾驶热气球的女子艾莉丝、其青梅竹马东尼欧，以及艾伯特男爵。由于艾伯特男爵认定隐居于城镇庭园中的黑暗神奇宝贝-达克莱伊是近日来破坏城镇的元凶，并准备讨伐它。然而东尼欧的想法却不同，他侦测到在白杨镇的上方有一股异常的冲击波，而那正是传说中分别掌控时间的帝牙卢卡，与空间的帕路奇犽这两大神奇宝贝在次元之夹缝中大战所造成；而达克莱伊的攻击并是为了让它们远离这座城镇。随着两大神的争斗越来越激烈，终于在白杨镇的名景“时空之塔”的上方产生了空间裂缝，两

神奇宝贝2013年新剧场版标题正式定名为《神速的灭世虫》，并预定于2013年7月13日上映，届时，附加短篇《皮卡丘与伊布好朋友》也会同时公开。　　本次即将与明年7月上映的剧场版是《宠物小精灵》系列的第16部剧场版动画，上一部作品名为《宠物小精灵 Best Wishes 酋雷姆VS圣剑士》，而新作则是以被真红之铠包裹着，曾在3亿年前被等离子团改造了的口袋妖怪盖诺赛特为主角，在特报中登场的正是被称为“神速的灭世虫”(又译：盖诺赛特)的口袋妖怪，它比平常的盖诺赛特行动更快速，能力更强劲！尤其是在“高速飞行行态”

立志成为神奇宝贝大师的小智一行人依然继续踏上旅程。这天，当小智与训练家的战斗结束之后，他们收到一封由快龙送来的神秘招待券。招待券里面写著：‘你们是最被看好、最有前途的宝可梦训练家，我以最强的宝可梦训练家的身份，邀请你们来参加我的宴会。’“最强的宝可梦训练家？”好奇的小智他们毫不考虑地朝向新岛的神奇宝贝城出发！当一行人到达港口时，却因为天候不佳，前往新岛的船只暂停行驶。港口管理员波佳为了不让神奇宝贝和他们遭到任何的意外，坚决不让众人出航，女警君莎也赞同波佳的看法。一位名叫海男的男孩，他打算搭乘神奇宝贝渡海，

小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险…… 另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500 年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为 “魂心”的未知力量，贪婪又邪恶的贾维斯企图利用这股力量来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会如何化解彼此的嫌隙？波尔凯

　　《神奇宝贝超世代》（Pokémon Advanced Generation）共分为芳缘地区丰缘联盟及关都地区对战开拓区两篇，《神奇宝贝超世代》和前面的剧情不一样的就是，故事变成了两个主线，小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆，丰缘联盟结束后，则改挑战故乡关都地区新设的对战开拓区，而小遥则以成为协调训练家努力，挑战各地的华丽大赛，取得优胜缎带勋章，好参加大型庆典，两人都为了达成各自的目标，与神奇宝贝一同奋斗。　　这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历

绿色草原，是个能够使人和神奇宝贝都心境安宁的地方，在这里住着秀力博士和他的女儿小美，有一天，秀力博士在遗迹里研究神秘神奇宝贝-未知图腾的时候，不小心被吸进异次元内，小美十分思念父亲，没想到竟因此唤醒了未知图腾。未知图腾将小美的心灵以结晶化呈现，最后更创造出小美最喜欢的传说神奇宝贝-炎帝，小美因此误以为爸爸变成炎帝的模样回来了，炎帝为了实现小美的心愿，并充当他的爸爸。小智的妈妈和秀力博士是旧交，因为担心小美而赶来，在这碰到刚结束对战来到这里休息的小智他们。没想到炎帝却从结晶塔中出现，将小智的妈妈暂时催眠，强

《精灵宝可梦》动画改编自同名游戏，讲述了立志成为宝可梦大师的小智和皮卡丘结伴旅行的故事。一路上，小智邂逅了不少同伴、劲敌、好友，和他们展开了一次又一次冒险。《精灵宝可梦 无印》共分为关都地区石英联盟、橘子群岛橘子联盟、城都地区城都联盟三个部分，因本作品无副标题，故又称为"无印"篇。

持续旅行的小智一行人，来到了被丰富自然的河川环绕的城镇米季纳。这个城镇里拥有数千年前的遗迹，小智等人在巨大的岩山上朝遗迹前进。突然，遗迹附近的湖刮起了水龙卷并向小智等人逼进，就在快被龙卷风卷入时，随着“帝牙卢卡，拜托了！”的声音出现了一名女性。下一刻，撕开空间的帝牙卢卡出现了。这位名叫“希娜”的女性，是遗迹的守护者，拥有与神奇宝贝心灵相通的能力。在希娜的邀请下，让小智他们使用时空仪来说明有关帝牙卢卡、帕路奇犽、骑拉帝纳的空间，并说起了在米季纳关于被称为诞生一切的幻之神奇宝贝“阿尔宙斯”的古老传说…。

水都奥多马雷，相传在这里有两只传说神奇宝贝-拉帝欧斯与拉帝亚斯，秘密的看守着守护这座城市的宝石-心之水滴。小智一行人正好造访这里，参加完水上竞速赛后，并从当地居民口中得知这项传说。这时，闻名世界的怪盗姊妹出现了，她们为了夺取心之水滴，利用探测器，找出了变成人型的拉帝亚斯，想借此查出心之水滴的下落，正好被小智撞见。怪盗姊妹想利用心之水滴的力量掌控整个水都奥多马雷，小智该如何制止她们的计划？