南海小岛上有个传说，火之神、冰之神、雷之神被人类触怒之时，就是世界毁灭的日子。疯狂的收藏家吉尔露太为了引出传说中的海之神洛奇亚，捕捉了亚西亚岛的火焰鸟，导致世界各地开始出现天灾地变的异象。这时正好小智一行人来到亚西亚岛，并在当地庆典活动中被推举扮演传说中的控制者。控制者必须到神鸟的三座岛屿中取得三种宝藏，在取宝藏的过程中，小智目赌神鸟被吉尔露太抓走。疯狂收藏家吉尔露太为了个人私欲不顾世界的存亡固然令人气愤，可是当神鸟被小智释放后，竟不顾一切的展开疯狂攻击。眼看著世界末日的预言真的要实现…

　　故事描述小智与皮卡丘、艾莉丝、天桐一行人正搭乘火城前往洛祥的旅途中，在行经山区时发现一只从未见过的神奇宝贝，但它却受了伤一动也不动。其实它正是被称为三位圣剑士的后继者，梦幻的神奇宝贝‧凯路迪欧。就在此时，最强的龙系神奇宝贝酋雷姆突然来袭！面对能变换成焰白酋雷姆与闇黑酋雷姆两种型态，并拥有压倒性力量的酋雷姆，小智一行人千钧一发逃过酋雷姆的追击。面对酋雷姆的穷追不舍，在行进列车与飞行船间发生战斗，他们能否战胜这次的强大挑战呢？

小智与皮卡丘小智一行人在旅行途中，遇见拥有“能从光环拿出所有物品”能力的幻之宝可梦—胡帕，以及照顾它的少女“梅雅利”。爱捣蛋的胡帕，以从那个神奇光环中拿出它最爱的甜甜圈，还有各种物品来吓人为乐。喜欢捣蛋又天真无邪的胡帕，还称呼小智和皮卡丘为“小知”跟“皮卡”，彻底成为好朋友的胡帕和小智等人，决定一起去旅行。

心中怀着新的理想告别了合众地方的同伴天桐和艾莉丝，立志成为宝可梦大师的小智带着皮卡丘来到了卡洛斯地方，在卡洛斯地方与新认识的旅行伙伴莎莉娜、希特隆、柚莉嘉三人和新的宝可梦相遇的冒险故事。

全18话，每集3-5分钟。剧情将延续着经典动画短片《精灵宝可梦 起源》，带给玩家各种感动。

小光是一个住在新奥地方的10岁女孩儿。今天是她以新人训练家的身份出去冒险旅行的值得纪念的日子。首先，为了得到最初的神奇宝贝，小光以隔壁城镇的神奇宝贝研究所为目标出发，然而却完全迷了路。正巧这个时候，研究所里新人用神奇宝贝树苗龟、小火猴、圆企鹅开始打架引起了大骚乱！而且，神奇宝贝们从研究所逃了出来，这下子事态更加严重了！历经风波的小光的启程，究竟会变成怎么样呢！？

前世与现世交错——拥有两份记忆的少年面对命运！！小时候，母亲被杀而成为孤儿的利欧在贫民窟里艰难地生存。有一天，利欧因梦见与青梅竹马的重逢而想起了意外身亡的“天川春人的记忆”，随之觉醒的“强大的魔力”，才让他意识到自己是转生到了剑与魔法的异世界。而后，利欧偶然遇上公主被绑架事件，因他在解救公主一事上做出了贡献，于是破例得以进入各地贵族子女云集的名校就读……得以从阶级社会的最底层成功越级的利欧，不断经历着各种相遇与别离，直面自己残酷的命运。

生活着众多从未见过的新的口袋妖怪的新世界，踏上伊苏地区的旅行。熟悉的组合，小智和皮卡丘，如今两人又发生了微妙的变化，新的关键词是“速度感”和“新鲜感”。在伊苏地区旅行的小智，遇到新的口袋妖怪们及新的口袋妖怪训练师们。以从未有过的速度展开口袋妖怪训练师之间的对战，新加入的伙伴们陆续登场，还有从不认输的皮卡丘带来的新的变化，口袋妖怪的终极进化！你从未见过的口袋妖怪新世界的冒险即将展开！