美丽的叶罗丽仙境就像梦想的童话世界一样，充满了瑰丽的奇妙色彩，大自然中所存在的物质都以仙子的形态生活在这里。仙境战神金王子遇到温柔的花蕾堡主人罗丽，罗丽用爱心魔法修补了金王子逐渐被黄金熔炉融化的心，最终两人却在仙境大战中失散，变成了人类世界中的娃娃。

小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险…… 另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500 年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为 “魂心”的未知力量，贪婪又邪恶的贾维斯企图利用这股力量来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会如何化解彼此的嫌隙？波尔凯

小智与皮卡丘新的冒险开始了！新的冒险舞台是自然资源丰富的阿罗拉地区。在阿罗拉地区这个四处都是蔚蓝的天空和蓝色的大海的地方，等待着小智和皮卡丘的是？新的宝可梦，新的伙伴，以及新的经历……新的冒险旅程终于拉开了帷幕！去吧！全力！大冒险！

王默和罗丽会发生什么？思思能救回孔雀吗？灵犀阁会做什么？魔术师是什么人？禁忌之地和十字法相又是什么人？白光莹会解除心的链接吗？情公主去了哪？金王子还有什么尘封的记忆？

在精灵旅社125周年庆典派对上，一场意外使德古拉带领的精灵家族首次变身成人，而约翰尼则成了怪兽。为了寻找治疗方法，这对冤家翁婿前往危机重重的南美雨林开启了一场欢乐又刺激的冒险之旅，遭遇了种种令人捧腹的窘况。

故事发生在艾雷西亚精灵学院之中，在这里学习深造的都是出身名门的千金大小姐们，她们要学会如何成为一名合格的精灵使。风早神人是一名平凡的十六岁少年，一次意外之中，他撞见了少女克雷尔出浴时的模样，又在误打误撞之中和她签订了契约，就这样，风早神人成为了学院之中唯一的男性精灵使。成熟可靠温文尔雅的琳丝蕾特，一本正经循规蹈矩的艾莉丝，表面看来大大咧咧但内心却十分娇羞的菲雅娜，在这些可爱女孩子们的围绕下，神人会有着怎样趣味横生的校园生活呢？

小智（松本莉香 配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇 配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。在旅途中，他们的之间的隔阂逐渐打破，并认识了同行的伙伴诚子（佐藤刊里 配音）与宗次（本乡奏多 配音），并听到了有关凤王的传说。“受到虹色之羽的引导，见到凤王的人，就会成为彩虹勇士...”该动画继续讲述小智与皮卡丘踏上成为宝可梦大师的冒险之旅。

讲述9岁的乔治这天迎来了一个弟弟，小白鼠斯图亚特。这是他爸爸妈妈从孤儿院领回来的可爱精灵，会说话有智慧，并且很希望有自己的家。

来自真新镇的10岁少年小智以成为精灵宝可梦训练大师为目标，即将踏上修行之旅。要知道，精灵宝可梦训练师与宝可梦在冒险时总是时时刻刻在一起，可以说是共同成长的伙伴。而且在共同的生活中产生的彼此的友情力量会让宝可梦在战斗中更加强大。所以，拥有一只适合自己的宝可梦对于宝可梦训练师来说是多么重要！可是，小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选精灵宝可梦的资格，于是，他领走了一只被挑剩下的宝可梦——皮卡丘。皮卡丘虽然长相可爱，但性格内向而不亲近人类，稍有不满就乱放电，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。

《精灵宝可梦XY&Z》是“XY”系列的第三季，故事紧随其后XY2之后，讲述击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。与此同时，小智和甲贺忍蛙之间发生的神秘联系也逐渐明朗……