"时王，退幕之日；零一，诞生之日。绝对不可以交汇！2019年，世界已经被人工智能修码吉亚统治，身处不同世界的假面骑士零一和假面骑士时王奇迹般地相遇了。虽然他们都是为了拯救世界，但二人最终是会携手战斗还是相互为敌？父亲的梦想、儿子的梦想……当各自的想法发生碰撞之时，未来究竟会怎样…！？"

故事发生在东京八丈岛近海，这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”。在这座设施正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中……另一方面，柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。此时，柯南接到来自冲矢昂（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相，柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中，进入设施内部。之后，在为