在数千年后的未来，迈入宇宙空间的人类分裂为银河帝国与自由行星同盟两国，分别秉持着专制主义与民主主义的政体。两国相争已达150年，以漫漫银河为舞台，进行着持续不断的战斗。在漫长的战争中，银河帝国苦于门阀贵族导致的腐败，而自由行星同盟也被民主主义的弊病：暴民政治侵蚀着。而在宇宙历8世纪末，两位天才的登场开始推动历史的进程。他们是常胜的天才莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及不败的魔术师杨威利。两人分别统率着帝国军与同盟军，展开轮番激战。

普普通通的大学生——岩谷尚文受到召唤来到异世界，成为了四圣勇者之一——“盾之勇者”。尽管蒙受不白之冤，多次遭到迫害，他依旧和拉芙塔莉雅、菲洛和梅尔蒂这几个好伙伴齐心协力，从威胁世界的灾厄“浪潮”中保护着人们。在自身的努力和梅洛马格女王的帮助下，尚文恢复了名誉，获得了自己的领地，并为应对即将再次袭来的浪潮进行着准备。然而，在梅洛马格东方的灵龟国，能带来前所未有灾难的魔物——灵龟复活了。尚文接受了女王讨伐灵龟的委托，一行人带上新加入的队友莉西亚前往灵龟国。在联军陆续集结之时，灵龟国国王侧室——奥斯特·蓬莱摄政

千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现…立志成为出色的宝可梦训练家的小智、小遥和小胜，带著皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到法恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与黛安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…。那是在“沉眠之茧”中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝─基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。虽然基拉祈只能停留短暂的7日就会再消失，但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的

　　为了成为合格的神奇宝贝训练师，小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真 配音）、艾莉丝（悠木碧 配音）带着各自的小伙伴继续修业之旅。这次他们来到了美丽的山中小镇艾茵多奥克参加神奇宝贝的比赛，并在此遇到了传说中拥有神奇力量的神奇宝贝比克提尼（水树奈奈 配音）。　　早在一千多年前，艾茵多奥克所在的土地上有一个美丽富饶的大地之乡，可是两个王子分别带着黑龙杰克罗姆（高桥英树 配音）和白龙雷西拉姆（谷原章介 配音）发生争斗，令国家崩溃在即。老国王借助比克提尼的力量暂时稳定住了龙脉，而大地之乡则从此凋零。作为大地之乡

王冠市是个水与绿茵、古街道与近代建筑完美调合的城市。为了观看正在这里举办的“神奇宝贝足篮世界杯”，小智一行人向王冠市前进。在途中，他们遇到了一只能够化身其他神奇宝贝或人类、名为“索罗亚”的不可思议的神奇宝贝。索罗亚还会心电感应，为了帮助同伴，它告诉小智它也要前往王冠市。小智们决定要栛助索罗亚，一起结伴同行。另一方面，幻之宝可梦雪拉比在相隔20年再度现身王冠市的同时，王冠市却发生了一起奇妙的事件。原本应该是这座城市的守护神－传说的宝可梦雷公、炎帝、水君竟在街道上大搞破坏。原来这个事件的背后，隠藏著大企业的社

在森林的入口，“雪成”与少女“永久”邂逅了。接受了永久说的“如果你听到了森林的声音，就不能乱走动”的忠告后，雪成走进了森林。 雪成在森林里为了守护被猎人追捕的“雪拉比”，被“穿梭时空的力量”卷入，带到了40年后的未来。在40年后的世界，雪成认识小智他们。但是在这世界里，火箭队史上最强的男人“比夏斯”正打算捕猎雪拉比。 比夏斯拥有能将一切神奇宝贝变得凶恶的黑暗球，将雪拉比从小智他们的身边夺走。为了拯救被比夏斯捕捉的雪拉比，小智与雪成拚命奋战。可是，温柔的雪拉比已经发生了很大的变化…… 激烈的对战中，传说的宝

由幽灵·杜鲁布所带领的海盗集团，在海中取得有“苍海的王子”之称的玛纳霏的蛋，企图用以不法之事。但随即被从中卧底的神奇宝贝保育家杰克·渥卡所夺走。之后，小智等人在旅途中因缺乏水源，而与一群为“水之民”后代的马戏团家族结识。当晚小遥梦见一座神殿。后经广美的解说，众人方知他们正在替杰克保管玛纳霏的蛋，而那神殿正是它的故乡，名为亚克夏。随后，幽灵等人闻讯前来想把蛋抢回。在混乱之中，玛纳霏在小遥手中孵化了。大家便决定将它送回神殿；而幽灵为了得到隐藏在神殿内的宝物“海之王冠”，极需要玛纳霏来替自己找出神殿的正确位置，

四年前，一颗陨石坠落至极地，从中诞生出DNA神奇宝贝-代欧奇希斯，居住在大气层的天空神奇宝贝－裂空坐，因而认为代欧奇希斯侵略它的领域，双方展开了一场激战。最后，裂空坐打败了代欧奇希斯，代欧奇希斯的核心沉到了海里，伦多博士正好带着他的助手优子及儿子小超来此地考察，目睹了这一切，并带走了另一个还留在陨石内没有复活的代欧奇希斯的核心。小超从此变得很害怕神奇宝贝。四年后，小智等人为了挑战对战塔，造访了小超居住的高科技城市-拉鲁斯市。在阴错阳差下，小超被误当成挑战者和小智一起被送上竞技场。就在同时，代欧奇希斯又完全

在地下深处，存在一个美丽的国家“钻石矿国”，有“宝石宝可梦”之称的小碎钻们在这里和平生活。存在于这个国家的巨大钻石“圣洁钻石”，长期以来作为重要的能量源泉，一直发挥着维持矿国一切活动的作用，但如今它的生命即将耗尽。这样下去这个美丽的矿国将会灭亡！就在这样的背景下，蒂安希遇到了小智和皮卡丘。为了寻求神圣之力，他们踏上了寻找“生命宝可梦”哲尔尼亚斯的旅程。在这段旅途的前方，等待着他们的有盯上蒂安希的盗贼们，还有曾经令卡洛斯地区所有生命灭亡的“破坏宝可梦”伊裴尔塔尔的沉睡之茧——究竟蒂安希最终能否拯救自己的国家

小智一行人抵达了小光预备参加神奇宝贝华丽大赛的白杨镇，在那里他们认识了驾驶热气球的女子艾莉丝、其青梅竹马东尼欧，以及艾伯特男爵。由于艾伯特男爵认定隐居于城镇庭园中的黑暗神奇宝贝-达克莱伊是近日来破坏城镇的元凶，并准备讨伐它。然而东尼欧的想法却不同，他侦测到在白杨镇的上方有一股异常的冲击波，而那正是传说中分别掌控时间的帝牙卢卡，与空间的帕路奇犽这两大神奇宝贝在次元之夹缝中大战所造成；而达克莱伊的攻击并是为了让它们远离这座城镇。随着两大神的争斗越来越激烈，终于在白杨镇的名景“时空之塔”的上方产生了空间裂缝，两